O grupo trabalha sobre um repertório essencialmente autoral, com cançoes que percorrem a tradição da música popular brasileira. Cantigas, choros, sambas, bossa-nova, frevos, marchinhas, maracatus e música instrumental. Mas, alem do repertório próprio, os Argonautas também flertam com a música de Tom Jobim, Chico Buarque, Edu Lobo, Astor Piazzolla e outros.